实验室一般如何定量提取植物基因组DNA的浓度
实验方法原理 幼嫩组织的细胞处于旺盛的分裂阶段，细胞核较大而细胞质较少，核酸浓度高，且内含物少，次生代谢产物少，蛋白质及多糖类物质相对较少，在SDS或CTAB物质存在时，经机械研磨，使细胞破裂释放出内含物，提取的DNA、RNA的产量高，纯度好。提取DNA所用的提取液、吸头、离心管等需要高压灭菌以灭活Dnase。DNA定量分析可采用紫外光谱分析法。原理是DNA分子在260nm处有特异的紫外吸收峰，且吸收强度与DNA的浓度成正比。此外，还可以通过琼脂糖凝胶电泳上显示的DNA带的亮度来分析，因为EB作为一种荧光染料，能插入DNA的碱基对平面之间而结合于其上，在紫外光的激发下产生荧光，DNA分子上EB的量与DNA分子的长度和数量成正比。
实验内容和实验步骤
1．提取DNA
（1）提取DNA所用的提取液、吸头、离心管等需要在高压灭菌锅中121℃（约1.1 kg/cm2）高压灭菌20 min。
（2）用液氮将50mg 幼嫩叶片研磨成细粉，置于1.5ml 离心管中加入预热至65℃的600μl 的CTAB提取液，轻摇混匀。
（3）65℃水浴1小时，其间轻摇混匀。
（4）12000rpm离心10min，取上清转移至另一1.5ml 离心管中。
（5）向上清液中加入等体积的酚/氯仿/异戊醇（25：24：1），轻轻混匀10min，然后12000rpm离心10min，再转移上清入新管。
（6）向上清液加入等体积的氯仿/异戊醇（24：1），轻轻混匀10min，然后12000rpm离心10min，再转移上清入新管。
（7）向上清液中加1/10体积的3M NaAC (pH5.2)，等体积的冷异丙醇，小心混匀。12000rpm离心10min，弃上清。
（8）用70%乙醇洗涤沉淀一次，12000rpm离心，弃上清。
（10）将沉淀在超净工作台上吹干，加50μl TE (pH8.0)室温溶解。
电泳检测或用紫外分光光度计检测DNA的浓度和质量。
测定植物基因组大小的方法有哪些
二代测序或三代测序很简单，一代测序也可以但是很贵不值。芯片检测只能用于已知序列的物种检测。
植物染色体DNA的抽取及浓度测定
目的意义
DNA是遗传信息的载体和基本遗传物质，它在遗传变异、代谢调控等方面起着重要作用，是分子生物学和基因工程研究的对象，但无论是研究植物DNA的结构和功能，还是开展外源DNA的转化、转导的研究，首先要做的就是从植物组织中提取天然状态的高分子量的纯化DNA。因此，本实验的目的是学习植物基因组DNA提取方法、原理和DNA的鉴定技术。
Ⅰ 植物基因组DNA 的提取（CTAB法）
一、原理
植物组织中绝大部分是核DNA，它和组蛋白、非组蛋白结合在一起，以核蛋白（即染色质或染色体）的形式存在于细胞核内。CTAB(十六烷基三甲基溴化铵，hexadecyltrimethylammonium bromide，简称CTAB)：是一种阳离子去污剂，可溶解细胞膜，它能与核酸形成复合物，在高盐溶液中(0.7mol/L NaCl)是可溶的，当降低溶液盐的浓度到一定程度(0.3mol/L NaCl)时从溶液中沉淀，通过离心就可将CTAB与核酸的复合物同蛋白、多糖类物质分开，然后将CTAB与核酸的复合物沉淀溶解于高盐溶液中，再加入乙醇使核酸沉淀，CTAB能溶解于乙醇中。
在DNA提取过程中必须始终注意以下几个关键问题：
（1）DNA的二级结构和双链易受多种因素（如强酸、强碱、加热、低盐浓度、有机溶剂、酰胺类、尿素等）的影响引起双链解开，即“变性”，因此抽提时避免使用变性的条件。
（2）抑制内外源DNase的活力。DNase就象一把刀，它能把大分子的DNA切成碎片，所以要加以杜绝，现可以通过多种途径来做到这一点：a、低温操作；b、调节pH，使偏碱（pH8.0）；c、抽提液中加表面活性剂；d、加螯合剂（EDTA）除去酶的铺助因子（Mg2+），使酶活性丧失。
（3）防止化学降解。如过酸或过碱以及其它化学因素，会使DNA降解，一般综合考虑，取pH8.0左右为宜。
（4）防止物理因素降解。如温度太高或机械张力剪切等，DNA分子特别大，其分子量可达1012道尔顿，极易被机械张力拉断，甚至在细管中稍急一些的流动也会使DNA断裂，所以在抽提过程中要特别注意这一点，操作过程要尽量简便、温和、减少搅拌次数，也不要剧烈摇动。
（5）植物的次生代谢物（主要是胞质内的多酚类或色素类化合物）对核酸提取有干扰作用。因此，一般尽可能选幼嫩的、代谢旺盛的新生组织作为提取DNA的材料，这是因幼嫩的新生组织次生代谢物较少，DNA含量高，且易于破碎，植物材料很好是新鲜的。
分离提取植物DNA的方法很多，本实验采用CTAB法提取DNA并通过紫外吸收法和电泳鉴定。
二、操作方法
（1） 取200mg样品(在液氮中研磨成粉末状)放入1.5mL离心管中，加入600μL DNA提取液，颠倒混匀5-6次。65℃保温35分钟以上，其间颠倒混匀一次。
（2）再加等体积的氯仿异戊醇(24：1)溶液轻轻摇晃30秒，在4℃下10000rpm/分钟离心10分钟后，取吸上清液(450μL)
（3） 再加两倍体积的预冷异丙醇，混匀静止10分钟以上，在4℃下10000rpm/分钟离心10分钟后，弃上清。
（4） 用600μL70%乙醇洗涤沉淀，重复一次，在室温下倒置晾干。
（5）沉淀用TE溶液溶解DNA，再加入RNase至终浓度50μg/mL，在37℃下保温半小时，将DNA样品放入冰箱保存。
Ⅱ 植物DNA 纯度的鉴定——紫外分光光度计法
一、原理
由于核酸中的碱基都具有共轭双键，所以具有紫外光吸收性质。核酸在紫外光谱区有一条典型的吸收曲线，其吸收高峰在260nm处，吸收低谷在230nm处。蛋白质在紫外区的吸收高峰在280nm处，所以核酸的紫外吸收光谱数据是鉴定核酸的重要依据之一。但紫外法不能区分DNA和RNA，只能用来鉴定核酸的纯度和含量。
纯度鉴定时，需测定在230、260和280nm处的消光值，经验数据表明，
纯净的核酸溶液A260/A230的消光值比大于或等于2.0；A260/A280大于或等于1.80。A260/A280值过小，说明蛋白未脱净；A260/A230过小，说明有杂质（一般为多酚类或色素）。
含量测定时，对于纯净的DNA来说，在实际应用中可根据260nm处的消光值O.D260值换算成含量，一般认为O.D260值为1时，相当于50μg/ml。在测定核酸粗制品时，样品中残留的蛋白质和色素等与其它具紫外吸收的杂质对测定有明显干扰作用，大分子核酸制备过程中变性降解后有增色效应，因此有时此法测定的结果会高于定磷法。
二、实验材料、仪器及试剂
1、材料 植物DNA
2、器材：紫外分光光度计、移液管、试管
3、试剂：TE溶液（pH8.0）（见前述）
三、操作方法
将纯化的DNA溶液用TE（pH8.0）稀释至每毫升含5-50μg DNA浓度范围，用TE（pH8.0）作空白对照，于紫外分光光度计上测定260nm、280nm和230nm吸收值，计算A260/A230和A260/A280的比值，并换算出核酸的含量。
Ⅲ 植物DNA 分子量的测定——琼脂糖凝胶电泳法
一、原理
以琼脂糖凝胶为支持介质的电泳广泛应用于核酸研究中，其操作简单、快速，是分离、鉴定、纯化DNA的标准方法。DNA分子在高于其等电点的pH溶液带负电荷，在电场中向正极移动。DNA分子在电场中通过凝胶介质而泳动，除电荷效应外，还有凝胶介质的分子筛效应，也就是说与分子大小构象有关。实验表明DNA迁移率与其分子量的对数成反比。因此通过参比已知标准分子量的DNA迁移率，可测定样品DNA的分子量。用低浓度的荧光物质，插入性染料溴化乙锭（EB）使凝胶中DNA区带染色，在紫外光下可直接显示DNA在凝胶中的位置，灵敏度很高，可检出10ng（10-9g）或更少的DNA含量。
二、实验材料、仪器及试剂
1、材料： 植物DNA
2、器材：水平板型电泳槽装置 电泳仪 254nm波长的紫外分析仪塑料手套 移液管 水浴锅
3、试剂：
（1）T ris-HAc(TAE)缓冲液
A．浓缩的贮备液（50倍）每升含：242gTris 57.1ml冰醋酸，100ml 0.5mol/L EDTA（pH8.0）。
B．使用浓度：0.04mol/L Tris-HAc/0.04mol/L EDTA。
（2） 琼脂糖：电泳纯以上。
（3）溴酚蓝甘油溶液（0.05%溴酚蓝-50%甘油溶液）：先配制0.1%溴酚蓝水溶液，然后取1份0.1%溴酚蓝溶液与等体积的甘油混合即成。
（4）已知分子量的标准DNA（λDNA-ECORI/Hind III）。
（5） 10mg/mL溴化乙锭水溶液（EB）或GV水溶液。
三、操作方法
1．琼脂糖凝胶板的制备
称取0.7g琼脂糖置于三角瓶中，加入100mlTAE缓冲液，在沸水浴中加热至琼脂糖完全溶解，冷却至50℃，然后加入EB溶液使终浓度为0.5μg/ml。倒入凹形有机玻璃槽（事先用胶带封住有机物玻璃板的边缘）。使其成2mm左右的凝胶板。在其未凝固前将样品槽模板（梳子）插入凝胶的一端，注意梳齿底与凝胶底之间应至少保持0.5-1.0mm的凝胶。待全部凝固后（室温，约30-45分钟），取出梳子及除去胶带，将凝胶板与玻璃板一起放入电泳槽内，加入TAE缓冲液使刚好超过凝胶面约1mm。
2．加样：将样品与溴酚蓝按4：1的比例混合，用移液器缓慢加入凝胶样品孔中，点样量为每孔5μgDNA。
3．电泳：点样端接负极，电泳开始时，可用较高的电压，如100伏特，这样可使样品很快进入胶内，而减少样品扩散，待样品进入胶内即可保持每厘米
5伏特左右的电压，DNA在电泳中向正极移动。当溴酚蓝的区带移至距凝胶底部1-2cm，停止电泳，当胶板为10-15cm的长度时，电泳时间一般为2小时左右。
(4)观察与鉴定
电泳结束后，取出凝胶板，在波长为254nm的凝胶成像系统下，观察电泳图谱，如果电泳条带清晰(如果EB染色看到桔黄色荧光条带，GV染色则看到绿色荧光条带)，将凝胶照相。根据标准DNA的电泳图谱，可以得知样品DNA的分子大小。
哪些方法可以检测转基因植物中的外源基因2
分析、确定了75个品种的转基因构建成分,为开展转基因检测奠定了基础。
2、不同类型的植物提取基因组DNA的方法略有差异,该研究优化了CTAB、SDS快速提取法,并选择了磁珠吸附试剂盒法,成功提取了适合于PCR反应的植物基因组DNA。
3、以植物内源基因18SrRNA为靶标,设计、优化后筛选出特异性引物和探针,建立了以18SrRNA为目标的检测植物基因组DNA提取质量的PCR与荧光PCR鉴定体系。
4、首次以CaMV35S、FMV启动子、NOS终止子、标记基因NPTII、抗除草剂基因EPSPS、PAT、抗虫基因CryIAb为检测目标,设计、筛选出特异性引物,优化实验参数,建立了转基因植物PCR定性检测方法体系,灵敏度达0。
1﹪。
5、克隆了CaMV35S、FMV启动子、NOS终止子、标记基因NPTII、抗除草剂基因EPSPS、PAT、抗虫基因CryIAb的阳性质粒作为转基因植物检测的阳性对照。
6、于反应体系中引入UNG酶,建立了无污染的荧光PCR扩增体系。
7、首次以FAM荧光素标记探针5端作为发光基团,以TARMA标记探针3端为淬灭基团,以CaMV35S、FMV启动子、NOS终止子、标记基因NPTII、抗除草剂基因EPSPS、PAT、抗虫基因CryIAb为检测目标,设计、筛选出特异性引物和探针,优化实验参数,建立了转基因植物通用性荧光PCR定性检测方法体系。
8、以FAM和TET两种荧光素标记外源基因和内源基因,建立了转基因大豆抗除草剂基因EPSPS和转基因玉米抗虫基因CryIAb的荧光PCR定量检测体系,两体系的灵敏度均达到0。
1﹪以上。
9、首次利用反向PCR技术扩增出华番1号基因组未知DNA序列,并通过DNA测序,利用BLAST软件进行同源性比较,找出载体与基因组整合位点DNA序列。
10、利用荧光PCR技术,设计出特异性引物与探针,优化实验参数,建立了一种灵敏、精确、定量和鉴定华番1号品种特异性的高效检测体系。
这在国内为首次利用整合位点进行转基因植物检测和品种特异性鉴定的方法……
植物基因组怎么测序
世界范围内在近400余种植原体中仅报道了用脉冲电泳等方法绘制的6种植原体完整的基因组序列：‘Ca.P.asteris’洋葱黄化植原体(OY-M)，翠菊黄化丛枝植原体(AY-WB)，玉米簇生植原体M3，‘Ca.P.mali’苹果簇生植原体(AT)，‘Ca.P.australiense’澳大利亚葡萄黄花植原体(PAa)和草莓致死黄花植原体(SLY)。此外，还绘制了16SrIII组中的X疾病植原体、花生丛枝植原体、‘Ca.P.pruni’植原体(CX)和16SrIII-J组的紫松果菊丛枝植原体。
已有的基因组研究分析表明，植原体的基因组普遍较小，其范围为530至1,350kb，其DNA的G+C含量非常低，在23.0-29.5％范围内。此外，这些植原体之间存在相当大的差异，在已发表的完整基因组中很小的是AT，其基因组大小仅为602kb，且其染色体是线性组成的，而其他已发表的基因组是圆形的，AT和其它植原体之间存在显着差异。与植原体相关的质粒首先在玉米丛生植原体中报道。直到很近，已经报道了23种来自各种植原体菌株的质粒并进行了测序。
植原体是一种特殊的多形性无细胞壁的细菌，寄生在植物的韧皮部筛管中，可以通过昆虫进行传播，引起世界范围内数百种植物发生病害，其中包括一些重要的经济作物，如小麦，玉米，花生等，造成巨大的经济损失。此外，许多由植原体引起的新疾病正在出现，因此，开展植原体基因组的研究是有必要的对于分析植原体的遗传进化和致病机理有重要意义。
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